قصة روروني كنشين تجري في بدايات عصر ميجي في اليابان. حيث تحكي قصة مرتحل مسالم اسمه هيمورا كنشين، المعروف سابقا بمنفذ الاغتيالات «هيتوكيري باتوساي». بعد مشاركته في حرب باكوماتسو يبدأ كنشين بالتنقل في أرجاء اليابان مقدما المساعدة والعون لهؤلاء المحتاجين إليهما كتعويض عن عمليات القتل التي قام بها كمنفذ اغتيالات